De geheimzinnige wezentjes die bekendstaan als Pikmin, gaan samen met de dappere ruimtereiziger Captain Olimar op een side-scrolling avontuur op de verschillende Nintendo 3DS-systemen. De Pikmin volgen Olimar op de voet. Je kunt de Pikmin weggooien door het touchscreen aan te raken. Ze zullen meteen voor je aan de slag gaan en voorwerpen verslepen, de strijd aangaan met vijanden of kostbaarheden voor je dragen. Zoals altijd zijn rode Pikmin bestand tegen vuur, zijn blauwe Pikmin verzot op water en kun je gele Pikmin verder omhoog gooien dan Pikmin met andere kleuren. Gele Pikmin kunnen trouwens ook tegen elektriciteit. Jij en je kleurrijke vrienden moeten een reeks uitdagingen voltooien, die samen een weergaloos avontuur vormen! In tegenstelling tot vorige Pikmin-games is dit een actiegame waarbij je razendsnel moet nadenken en iedere Pikmin moet gebruiken om hindernissen te overwinnen.