PES 2009 voor de Wii beschikt over drie controle mogelijkheden, die de intuïtieve point and drag interface van vorig jaar verbeteren tot een spel met meer verdedigingsen schietmogeljkheden. Gebruikers gebruiken de Nunchuck of de Wii Remote om controle te houden over de bal en de speler terwijl zij tegelijkertijd in staat zijn een speler te kiezen, die de bal in ontvangst kan nemen of die ze over het veld laten lopen om de bal te kunnen ontvangen.

Het systeem is verder verfijnd, zodat de specifieke controle verbeterd is. Daarnaast zijn er ook twee nieuwe controle mogelijkheden toegevoegd. Gebruikers van de PES 2009 kunnen zowel de Classic Controller als de Wii Remote gebruiken.